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配合商標法、著作權法、關稅法、貿易法、民事訴訟法等相關法律規定，財政部關稅總局早在2003年6即頒佈「海關配合執行商標權及著作權保護措施作業要點」，提供智慧財產權邊境管制措施；在發現有侵權產品進出口時，透過一定的程序，海關可予以查扣，並協助司法機關調查。上述作業要點，於2005年6月改為「海關配合執行專利商標及著作權益保護措施作業要點」，新增對專利權之保護；至此，專利權人亦得經由法定程序運用邊境管制措施。上述作業要點於2008年9月再度修正，加強對進出口人及權利人權益之平衡與兼顧。為因應今年（2012年）7月1日起施行的新商標法，關稅總局將原作業要點中關於商標保護的部分移出，修正成為「海關執行商標權益保護措施實施辦法」，並自2012年7月9日起發布施行。至於現行2008年版的作業要點，關稅總局也於2012年9月初公布修正草案，更名為「海關配合執行專利及著作權益保護措施作業要點」，目前正向各界廣納意見，以作為最後定案之參考。
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商標權及著作權侵害的邊境管制措施
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由2003年6月起實施的邊境管制措施，對於商標權人和著作權人而言，實乃相當有效的保護機制，以阻止侵權貨物的進出口。依據前述作業要點，海關可在4種情形下，實施相關措施：
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(1)
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商標權人或著作權人主動檢舉特定進出口貨物侵害其商標權或著作權
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(2)
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商標權人或著作權人提示相關資料（未特定進出口貨物）予海關備案
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(3)
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其他機關通報進出口貨物有侵害之嫌
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(4)
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海關執行職務時主動發現進出口貨物外觀顯有侵害之虞
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無論是基於商標權人或著作權人對特定進出口貨物的檢舉、對未特定貨物疑似侵權情況的提示、其他機關的通報，或是海關執行職務時的主動發現，當海關察覺有疑似侵權貨物，即會通知權利人及進出口人確認並提出證明文件，於踐行相關法定程序後，依法查扣、放行或移送相關機關處置。
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權利人應配合辦理事項
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雖然海關的邊境管制措施提供商標權人和著作權人有效的權利執行機制，但為兼顧進出口人的權益，此措施亦明確要求權利人履行相當的行為義務，以避免其遭任意濫用，淪為不當競爭的手段。以2012年7月9日發布施行之「海關執行商標權益保護措施實施辦法」為例，其中明確規定：當商標權人欲向海關檢舉特定進出口貨物侵害其商標權時，必須以書面提出申請，並檢附下列三項資料：
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(1)
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侵權事實及足以辨認侵權物品之說明，並以電子檔案提供確認侵權物品之資料，如真品、仿品之貨樣、照片、型錄或圖片
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(2)
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進出口廠商名稱、貨名、進出口口岸及日期、航機或船舶航次、貨櫃號碼、貨物存放地點等相關具體資料
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(3)
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商標註冊證明文件
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若商標權人欲向海關提示非特定進出口貨物有侵害商標權之嫌，以取得海關同意為其執行一年的保護措施時，依據2012年7月9日「海關執行商標權益保護措施實施辦法」，因對象尚未特定，可不必提出實際的進出口貨物資訊（亦即上述第二項資料）。
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海關於接獲上開檢舉或提示後，應研判內容是否具體，以決定是否受理；必要時，亦得通知商標權人到場說明。
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依據2012年7月9日「海關執行商標權益保護措施實施辦法」，於海關受理檢舉或提示後，若查核進出口貨物認為與商標權人主張相符時，會以電話及傳真通知商標權人及進出口人，此時商標權人必須在限定時間內（若為空運出口貨物，必須在4小時內；若為空運進口或海運進出口貨物，必須在24小時內）到海關檢視貨物進行認定，且需在3個工作日內（有正當理由可延長3日，但以一次為限）提出侵權事證。萬一商標權人無法在時限內履行前述行為義務，或進出口貨物經認定無侵害情事者，在無違反其他通關規定的情況下，海關將依進出口貨物通關規定辦理，將貨物放行。
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上述時間限制，對於權利人而言實相當緊迫。曾有意見質疑：要求權利人於4小時內到達海關進行認定，顯然過苛。但關稅總局認為，此係為兼顧進出口人權益，而必須採行的重要規範。事實上，現行的2008年版「海關配合執行專利商標及著作權益保護措施作業要點」，早已訂有類似的時限要求；其中在海運進出口及空運進口的部分，權利人甚至需在「1個工作日」內（而非24小時）至海關進行認定。
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進出口人應配合辦理事項
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目前的海關邊境管制措施，固對商標及著作權人課以前述行為義務及時間限制，以平衡進出口人之權益，但同時也對進出口人要求積極的回應，以達到兼顧雙方立場之目的，避免案件久懸。以2012年7月9日施行之「海關執行商標權益保護措施實施辦法」為例，當進出口人接獲海關通知其貨物被認為疑似侵權物品時，應在3個工作日（有正當理由可延長3日，但以一次為限）內提出確實取得合法授權的證明文件，或其他可證明並無侵權情事的證明文件。
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海關於收受此等文件後，應通知商標權人在3個工作日內，依商標法第72條第1項規定申請海關先予查扣貨物。若商標權人未在期限內提出先予查扣之申請，或釐清並無侵權情事時，在無違反其他通關規定的情況下，海關可僅取具代表性貨樣後，依有關進出口貨物通關規定將貨物放行。
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專利權侵害的邊境管制措施
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相較於商標、著作權侵害事件的進出口貨物處理方式之詳細設計，海關邊境管制措施對於專利權侵害事件，並無類似機制，且實施條件更為嚴格；此無論在現行2008年版「海關配合執行專利商標及著作權益保護措施作業要點」，或關稅總局甫公布的「海關配合執行專利及著作權益保護措施作業要點」草案中，均相同。如前述，商標權人（著作權人亦同）可直接檢具資料向海關提出檢舉或提示，不需先取得司法機關的裁判。但專利權人則必須先向法院聲請假處分（定暫時狀態處分）獲准後，請求法院將執行命令送達海關協助執行。而海關於收受執行命令後，尚須要求專利權人提供涉案貨物之進出口時間及地點、裝運進出口運輸工具名稱、航次，甚至進出口報單號碼等等具體資料，方才配合辦理。
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是以，在台灣專利侵權訴訟實務上，雖常見專利權人取得法院假處分裁定後欲利用海關的邊境管制措施以達到防堵侵權產品之進口及銷售，惟因實際上難以透過公開管道確認侵權貨物之進出口時間、地點、航班、報單號碼等細節，故不易獲得有效的執行成果。
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探究海關邊境管制措施之所以獨對專利權侵害事件採取截然不同的作法，其可能原因應是：海關人員單從貨物外觀，不易判斷其所使用之技術，是否涉及他人專利權範圍。而商標權保護的對象多為文字、圖形、記號等所構成的標示（logo），著作權所保護的則為著作的表達形式，凡此皆為海關人員較易由外觀上依自身經驗加以判斷者。
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結語
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在智慧財產權保護意識高漲，相關法律行動已漸成為企業競爭重要武器之今日，智慧財產權利人、進出口商或從事各種產品製造、銷售之廠商，宜對於海關邊境管制措施多加關注，並事先於企業內規劃相關行動準則。而財政部關稅總局於陸續完成「海關執行商標權益保護措施實施辦法」及「海關配合執行專利及著作權益保護措施作業要點」之修正並付諸施行後，應可促進台灣智慧財產權保護環境之健全化，提升執法品質。
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