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行政法院如何處理專利權人於專利舉發行政訴訟中所為之申請專利範圍更正？
為減少就同一商標或專利權有效性之爭執，因循環發生行政爭訟，而拖延未決之情形，智慧財產案件審理法第70條第1項規定：「關於撤銷、廢止商標註冊或撤銷專利權之行政訴訟中，當事人於言詞辯論終結前，就同一撤銷或廢止理由提出之新證據，智慧財產法院（下稱「智財法院」，2021年7月1日改制為智慧財產及商業法院）仍應審酌之。」。而專利權人因應舉發人在行政訴訟中始提出之新證據，即便已脫離智慧財產局（下稱「智慧局」）之舉發審查階段，專利權人仍得向該局申請更正其權利範圍，最高行政法院早在2015年4月14日之104年度4月份第1次庭長法官聯席會議（二）決議中已有明確宣示。嗣後，專利法亦於2019年5月1日增訂第74條第3項但書規定：「舉發案件審查期間，專利權人僅得於通知答辯、補充答辯或申復期間申請更正。但發明專利權有訴訟案件繫屬中，不在此限。」，以為依據。
準此，專利權人於行政訴訟中如遇舉發人提出新證據時，可向智慧局申請更正，已無疑問。但此時，法院應如何處理？法並未明文。最高行政法院及智財法院表示見解如下：
一、法院應待智慧局之更正處分結果，始得判斷：
最高行政法院於年2016年6月30日即在其105年度判字第337號判決中，認為法院不應就更正之准否自為判斷，而應等待智慧局之決定。理由如下：
1. 系爭專利之申請專利範圍在判斷進步性上，係居於先決之地位，若系爭專利之申請專利範圍不確定，則無從進行下一個步驟的進步性判斷。
2. 專利案之申請專利範圍更正申請，雖係在舉發案行政訴訟程序中向智慧局為之，但該更正之技術內容，於專利專責機關准予更正並公告者，溯及申請日生效。更正與否關涉系爭案專利技術特徵之解釋與確定，則是否合於專利法所規定之更正要件，更正後之內容為何，智財法院應待智慧局的更正處分結果始得判斷。
3. 若專利權人已依法申請更正，自應待更正處分，並提示更正處分內容，使當事人得為事實上及法律上適當完全之辯論，及必要之聲明及陳述，始可謂已經當事人充分辯論，方得作成判決。
最高行政法院嗣後作成的107年度判字第391號判決及108年度判字第211號判決亦均採相同見解，重申：「更正准否係涉及申請專利範圍之解釋與確定，故法院仍應待智慧局更正處分公告，始得確認專利舉發行政訴訟中所審查之說明書或申請專利範圍。」至於法院是否須等到智慧局之更正處分確定，智財法院105年度行專訴字第99號判決以前述最高行政法院105年度判字第337號判決並未言及此，認為只要智慧局更正處分公告後，法院即得以該更正處分為基礎對專利舉發合法與否進行判斷。
二、法院如何等待智慧局之更正處分結果？
至於智財法院應如何等待智慧局之更正處分結果，前述最高行政法院105年度判字第337號判決或其後幾則判決均無指示，似可由智財法院依個案情況自為決定。一般較常見似是僅將之後開庭期日順延，待接到智慧局更正審定通知後，再擇期開庭。惟智財法院於2024年1月18日所作成之111年度行專訴字第37號裁定，則採取更為謹慎之作法，逕作成停止訴訟之裁定。